Siguatepeque está ubicada en la región central de Honduras. 
Viajando a través de la historia encontramos  informes que nos  relatan que los colonizadores españoles  transitando por estos parajes encontraron habitantes indígenas de la raza lenca habitando en viviendas de paja en la ribera  de los ríos y riachuelos.
Según el historiador comayagüense Felipe Castillo, "Siguatepeque no fue fundada, sino  descubierta",  para esa época había un pequeña población autóctona . Todo esto aconteció el 7 de diciembre de 1537  cuando el adelantado Alonso de Cáceres recorrió el poblado con sus huestes españolas, encontrando indígenas  habitando en las faldas y sabanas aledañas al cerro Calanterique y también  en  las orillas  de los riachuelos: Guique y  Guaratoro.
Se han encontrado vestigios de sus aborígenes,  como los siguientes utensilios:  piedras de moler, vasijas, jarrones, ollas, objetos de adornos para sala, imágenes de ídolos de diferentes formas y tamaños, propios de los grupos étnicos maya y lenca.

Siguatepeque  según el padre Vallejo se  cree fue fundada inicialmente por indios de origen lenca por el año de 1689 y ya para el año de 1788 Siguatepeque formaba parte de un curato de seis cofradías y contaba con las siguientes aldeas: Jaitique,  Meambar y  Taulabé.
El libro de registro mas antiguo de la época que se ha encontrado data de el año de 1850. formando este, parte del archivo de la municipalidad.
El 14 de de abril de 1861 se le dio a Siguatepeque  la categoría de municipio del departamento de Comayagua,  con el nombre de San José de Siguatepeque.
Pierde como municipio para el año de 1889 la aldea de Meambar, la que se constituye a su vez en municipio, ese mismo año (1889), Siguatepeque se convierte en capital religiosa del país al instalarse en el lugar el obispo de Honduras, Fray Manuel Francisco Vélez , quien había adquirido el inmueble del que fue el antiguo edificio del Instituto de secundaria Dr. Genaro Muñoz Hernández, el cual era en esos tiempos, casa de retiro para los sacerdotes de su parroquia.
En el año de 1847 la población cuenta ya con su primer gobierno municipal, el cual era presidido por Don Juan Francisco Martínez,  esto fue en tiempos que ocupó la Presidencia de la Republica  el Doctor Juan Lindo, cuando la ciudad de Comayagua era la capital de Honduras.
El 9 de abril de 1926 el Congreso Nacional le confiere el titulo de ciudad, siendo Presidente  de Honduras, el Doctor Miguel Paz Barahona y Don Darío Velásquez Castellanos, fungiendo como alcalde de la ciudad, siendo su sindico Don Domingo Meza Discua.